UNAIR NEWS – Masyarakat Iktiologi Indonesia (MII) Webinar Series #10 mengundang Wakil Dekan Penelitian, Publikasi, Kolaborasi, dan Relasi Publik Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Airlangga (FPK UNAIR) Dr. Eng. Sapto Andriyono, S.Pi., M.T. untuk membahas Assessment keanekaragaman ikan melalui pendekatan DNA Barcoding dan DNA lingkungan Metabarcoding, Sabtu (20/03/2021). Sapto memiliki latar belakang penelitian di bidang molekuler dan disini Sapto akan menjelaskan apa itu DNA Barcoding dan metabarcoding yang akan menguak keanekaragaman spesies ikan.
Melansir dari FishBase, sebanyak 3.701 spesies ikan laut, namun faktanya, sebanyak 8.500 spesies ikan laut di Samudera Hindia. Sapto mengatakan beragamnya database itu menunjukkan potensi biodiversiti Indonesia dapat meningkat.
“Semakin maju teknologi untuk mengidentifikasi spesies ikan di tingkat molekuler, metode konvensional tetap dibutuhkan. Pembatasan alat trawl akan menjadi kendala dalam pengumpulan biodiversiti ikan,” ungkapnya.
Pendekatan konvensional selain trawl, ada netting, poisoning, Underwater Visual Census (UVC), echo sounding, serta angling. Banyaknya metode tersebut akan kembali keberagaman akurasi data yang akan terkumpul. Salah satu kecanggihan zaman dalam upaya mendeteksi keragaman hewan air melalui pendekatan DNA lingkungan (metabarcoding).
Mengapa DNA Barcoding semakin berkembang? Sapto mengatakan bahwasanya banyak peneliti ikan menggunakan primer region COI. Metode bersifat non destruktif, serta menghemat waktu.
“Kegiatan hanya mengambil sampel air di permukaan ataupun kolom air tergantung dari spesies yang ingin dikaji, nantinya bisa mendapatkan DNA lebih dari satu spesies,”jelasnya.
Meski terbilang simpel, Sapto menekankan sterilitas peralatan menjadi nomor satu dalam persiapan pengambilan sampel, serta melakukan pengukuran pH, salinitas, dan suhu.
Pengambilan sampel air laut dengan air tawar pun berbeda dalam volume air. Untuk mendeteksi sampel DNA di air laut dibutuhkan 5 liter air sedangkan air tawar hanya 200 ml air. “Genomik DNA di air laut sangat rendah dari air tawar. Umumnya sampel air tawar didominasi oleh fitoplankton,” Jelas Sapto.
Tahapan setelah pengambilan sampel, lanjut Sapto Andriyono, dilanjutkan ke tahap ekstraksi untuk mendapatkan eDNA, kemudian dilakukan pembacaan melalui platform MiSeq (2 X 300 bp) dan dibaca melalui software. Sapto melaksanakan penelitian Metabarcoding di Malang Selatan, Gresik , Teluk Pangpang Banyuwangi, dan Bali.
Berdasarkan identifikasi DNA Barcoding di Teluk Pangpang, ada 37 spesies ikan laut teridentifikasi 25 families dan 4 ordo, clupeiformes, pleuronectiformes, scorpaeniformes, paling umum adalah perciformes. Di Malang Selatan ditemukan famili Lutjanidae, Scombridae dan Carangidae.
“Perlu kolaborasi guna meningkatkan database Bank Genetik Ikan. Diharapkan metode ini menjadi informasi dasar dalam pengumpulan data biodiversiti ikan di Indonesia,” tuturnya. (*)
Penulis: Dimar Herfano
Editor: Feri Fenoria
