Bakteri Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) merupakan penyebab utama TBC paru manusia. Ketepatan, tepat dan cepat identifikasi bakteri MTBC dengan menegakkan dan menyatakan ditemukan dan identifikasi bakteri yang diisolasi dari dalam dahak sampel dari pasien, diperlukan untuk dapat dengan segera melaporkan temuan identifikasi species bakteri MTBC penyebab TBC paru. Laporan Penegakan Diagnosis species MTBC kepada Dokter yang merawat pasien terduga TBC paru, sangat berguna untuk mendasari Penegakan Diagnosis TBC, yang selanjutnya dapat segera penentuan pengobatan anti-TB yang tepat pula pada pasien, sehingga kesembuhan dapat segera dicapai dan stop penularan penyakit.
Penelitian ini bertujuan membandingkan ketepatan identifikasi MTBC, antara metode biokimia uji akumulasi niacin dengan metode amplifikasi asam nukleat PCR-gene 16SrRNA (full gene 1500 bp). Metode uji biokimia, uji akumulasi niacin berdasar pada deteksi peningkatan atau akumulasi produk niacin pada pembiakan atau kultur bakteri pada media perbenihan, karena berdasar perkembang biakan bakteri Mycobacterium diperlukan pengamatan setelah 2 minggu sampai 3 minggu. Metode amplifikasi asam nukleat DNA dengan target gen 16SrRNA menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR), dengan prinsip identifikasi rantai DNA dengan urutan (sequence) DNA yang conserved (urutan asam nukleat pada DNA selalu ditemukan urutan asam nukleat yang sama pada species tertentu) selalu ditemukan pada DNA species MTBC dan spesifik hanya ditemukan pada DNA bakteri species MTBC dan tidak ditemukan pada species bakteri lainnya. Urutan DNA pada gen 16SrRNA merupakan penentu identifikasi species MTBC karena conserved dan spesifik, dan dilaporkan stabil dan tidak mudah evolusi atau jarang terjadi mutasi secara alami. Metode PCR konvensional hanya memerlukan waktu 1sampai 2 hari, merupakan tes molekuler cepat, saat kini dengan kemajuan teknologi metode amplfikasi asam nukleat dapat memberikan hasil laboratorium dalam 2 jam.
Pada 87 isolat dari dahak pasien TBC paru, koleksi isolat koloni yang tumbuh karakteristik pada media Middlebrook 7H10 (Sigma Aldrich, USA), koleksi isolat koloni dilakukan mulai bulan Januari 2016 sampai Juli 2016, isolat klinik dari dahak pasien TBC paru di Poli TB DOTS di RSUD Dr Soetomo Surabaya Indonesia. Pada isolat koloni karakteristik (koloni – koloni warna putih krem, bentuk kering kasar bergerombol) dilakukan uji akumulasi niacin (TB Niacin Test Strip BD, Ireland UK), dan PCR-full gene 16SrRNA, in house PCR, prosedur standar dengan optimasi dan kontrol negatif (larutan reaksi tanpa DNA) dan kontrol positif (DNA ekstraksi dari koloni bakteri virulens strain ATCC 27294 Mycobacterium H37Rv), dan ekstraksi DNA menggunakan Qiagen extraction kit (DNeasy) dan PCR mix (KapaBiosystem, ReadyMix), dengan primer – primer target gen full gene 16SrRNA yang sudah didesain. Kemudian larutan reaksi mengandung DNA bakteri dari isolat, primer – primer, dilarutkan dalam larutan pereaksi PCR mix (yang mengandung enzyme DNA polymerase dan larutan penyangga reaksi), reaksi amplifikasi dilakukan pada mesin termocycler (MiniTM BioRed), dengan program siklus suhu yang sudah dioptimasi. Pengamatan amplikon (penggandaan DNA), tampak pita DNA pada hasil DNA electrophoresis dengan pewarnaan pita DNA dan didokumentasi menggunakan geldoc, identifikasi pita DNA spesifik pada berat molekul DNA 1500 base pair dinyatakan positif MTBC, yang dibandingkan dengan kontrol positif dan kontrol negatif.
Hasil penelitian menyatakan kedua metode uji, uji akumulasi niacin dan uji PCR-full gene 16SrRNA menyatakan 95,4% positif MTBC, 83 koloni isolat klinik dahak pasien TBC paru dinyatakan positif MTBC diantara 87 isolat koloni yang karakteristik. Selain itu dinyatakan pada hasil pengamatan, positif MTBC ternyata concordant (pada isolat yang sama dinyatakan positif MTBC pada kedua uji (uji akumulasi niaci dan PCR-full gene 16SrRNA. Simpulan penelitian ini, PCR pada target DNA specific full gene 1500bp gene 16SrRNA pada MTBC menjadi dasar pengembangan metode PCR untuk identifikasi MTBC yang akurat dan cepat.
Penulis: Ni Made Mertaniasih
Informasi detail riset ini dapat dilihat pada tulisan kami di :
https://search.informit.com.au/documentSummary;dn=583534465709636;res=IELHEA
Nastiti Intan Permata Sari, Agnes Dwi Sis Perwitasari, Soedarsono, and Ni Made Mertaniasih(2019). A comparison of a biochemical test and gene amplification for identification of ‘Mycobacterium tuberculosis’ Complex from pulmonary isolates in Surabaya Indonesia.Australian Journal of Medical Science, Vol. 40, No. 1/2, Feb/May 2019: 14-18.
