Coronavirus adalah kelompok besar virus berselubung, dan memiliki RNA untai tunggal yang dapat menyebabkan kerusakan dan infeksi pada saluran pernapasan mamalia, termasuk manusia. Coronavirus 2019 (COVID-19) adalah penyakit pernapasan yang awalnya terdeteksi di Wuhan, China pada Desember 2019 dan kemudian menyebar dengan cepat ke seluruh dunia. Penyakit ini disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) yang masih dalam genus yang sama dengan virus yang menular pada hewan dan manusia. Analisis genetik menunjukkan bahwa SARS-CoV-2 terkait erat dengan kelelawar-SL-CoVZC45 dan kelelawar-SL-CoVZXC21 serta SARS-CoV dan MERS-CoV.
SARS-CoV-2 memiliki protein lonjakan pada permukaan virus yang mengikat reseptor inang selama infeksi. Protein ini memiliki afinitas yang kuat terhadap human angiotensin-converting enzyme-2 (ACE2) sebagai reseptornya dan sangat efisien dalam menginfeksi. Setelah infeksi, SARS-CoV-2 memiliki hasil polipeptida sekitar 800 kDa selama transkripsi. Polipeptida ini memiliki sifat proteolitik yang dapat membentuk banyak protein. Proses ini dimediasi oleh papain-like protease (PLpro) dan 3-chymoptrypsin-like protease (3CLpro). 3CLpro mampu menghidrolisis poliprotein virus ppl dan pplab untuk menghasilkan protein fungsional selama replikasi virus corona. Protease ini memainkan peran penting dalam replikasi dan memiliki urutan yang penting untuk pengembangan obat. Oleh karena itu, 3CLpro dipelajari secara luas sebagai penghambat target potensial untuk mengobati SARS, MERS, dan COVID-19.
Laporan terbaru menunjukkan beberapa obat yang berfungsi sebagai inhibitor 3CLpro melawan infeksi COVID-19, yaitu: paxlovid dan molnupiravir. Kasus COVID-19 yang terus bermutasi menyebabkan beberapa obat dan vaksin yang telah diberikan menjadi kurang efektif. Tanaman herbal memiliki potensi tinggi sebagai agen anti-COVID19. Oleh karena itu, diperlukan agen terapeutik untuk mengurangi efek mortalitas dan morbiditas COVID-19.
Indonesia memiliki keanekaragaman jenis tumbuhan yang cukup besar di dunia. Tercatat 5.000 tanaman obat memiliki kegunaan penting dalam pengobatan tradisional sejak zaman dahulu. Obat tradisional ini sudah lama digunakan di Indonesia untuk mengobati infeksi virus seperti flu, herpes, dan hepatitis. Menurut beberapa penelitian, terdapat konsentrasi yang signifikan dari senyawa antivirus di beberapa tanaman yang dipelajari secara luas. Salah satu potensi yang dapat digunakan sebagai antivirus untuk SARS-CoV-2 adalah rhubarb (R. officinale Baill.). Rhubarb dikenal sebagai tanaman yang dimanfaatkan sebagai tanaman obat, bahan herbal, dan wewangian. Selain itu, emodin dalam rhubarb (R. officinale Baill.) telah diteliti sebagai kandidat obat SARS-CoV. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi emodin rhubarb (R. officinale Baill.) sebagai penghambat aktivitas SARS-CoV-2 3CLpro.
Hasil prediksi target dari tiga senyawa yaitu: emodin, paxlovid, dan molnupiravir terhadap 3CLpro menunjukkan hasil selanjutnya. Hasil prediksi target menunjukkan bahwa emodin memasukkan kategori target pada jenis protease sebanyak 6,7% dari seluruh kelas target. Sedangkan total kelas target protease yang diharapkan dengan paxlovid sebesar 50%. Namun, potensi molnupiravir sebagai target prediktif tidak diketahui. Hasil ini menunjukkan bahwa potensi emodin untuk ditargetkan pada protease kecil tetapi spesifik, sehingga cocok untuk digunakan sebagai zat ligan 3CLpro. Karakter residu asam amino di sekitar tempat pengikatan bervariasi. Jumlah residu tertinggi adalah energi ikat dan stabilitas struktur sekunder dan tersier senyawa yang diuji pada sisi aktif enzim target.
Jumlah residu dalam interaksi emodin dengan 3CLpro setara dengan interaksi antara ligan asli dan 3CLpro. Hal ini menyebabkan afinitas pengikatan kedua ligan menjadi sama. Oleh karena itu, emodin berpotensi tinggi sebagai kandidat obat penghambat pembentukan protein SARS-CoV-2. Rhubarb (R. officinale Baill.) telah diuji secara in silico sebagai inhibitor 3CLpro pada SARS-CoV-2. Namun, hasil yang diperoleh dari penelitian ini bersifat teoritis dan harus dieksplorasi lebih lanjut melalui uji in vivo dan in vitro untuk memvalidasi potensi keuntungan dari senyawa bioaktif yang ada dalam rhubarb (R. officinale Baill.).
Rhubarb (R. officinale Baill.) diduga memiliki aktivitas antivirus karena adanya emodin. Emodin memiliki nilai afinitas pengikatan -7,6 kkal/mol dan nilai RMSD 0 sehingga berikatan kuat dengan situs aktif SARS-CoV-2 3CLpro. Namun, diperlukan penelitian lebih lanjut untuk mendukung hasil penelitian ini.
Penulis: Nur Sofiatul Aini, Muhammad Hemawan Widyananda, Viol Dhea Kharisma, Arif Nur Muhammad Ansori, Alexander Patera Nugraha.
