Tuberkulosis (TB) paru adalah penyakit menular yang disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis dan sampai saat ini masih menjadi penyakit infeksi kronis mayor di seluruh dunia. di mana Indonesia menempati peringkat kedua negara terbanyak penyumbang kasus TB di dunia setelah India. Kesenjangan antara estimasi jumlah kasus dengan jumlah kasus baru masih menjadi masalah dunia yang disebabkan underreporting dan underdiagnosis dan Indonesia menyumbang 10% dari global gap tersebut. Pada tahun 2019, diperkirakan terjadi kasus kematian akibat TB sebesar 96.700, di mana sebagian besar kasus kematian dapat dicegah dengan diagnosis dini dan terapi yang tepat.
Metode diagnostik TB paru sangat bervariasi, mulai dari mikroskopis BTA yang dikembangkan oleh Robert Koch sejak tahun 1882, kultur, sampai metode molekular yang lebih modern, termasuk salah satunya Xpert MTB/Rif yang dikembangkan oleh Cepheid, USA. Mikroskopis BTA masih menjadi metode utama diagnosis TB di negara-negara berpenghasilan rendah – menengah. Prosedurnya mudah, cepat, biaya murah dan sangat spesifik di area dengan prevalensi TB yang tinggi. Kelemahan utamanya yaitu sensitivitasnya yang rendah yaitu limit deteksinya kurang dari 10.000 organisme/mL.
Metode molekular, di sisi lain, merupakan metode yang tercepat untuk deteksi M. tuberculosis pada spesimen klinis dengan sensitivitas dan spesifisitas yang lebih baik. Pengembangan metode Xpert MTB/Rif yang kemudian direkomendasikan oleh WHO sejak 2010 membawa perkembangan besar di bidang diagnostik TB paru, khususnya untuk deteksi TB resisten rifampisin, meskipun sensitivitasnya masih sedikit di bawah metode kultur terutama pada TB dengan BTA negatif dan TB pada pasien HIV. Xpert MTB/Rif menggunakan prinsip real-time PCR yang mendeteksi 5 overlapping probe dari 81 bp core region gen rpoB di mana pada regio ini merupakan target mutasi yang menyebabkan resistensi terhadap rifampisin. Selain itu, biaya peralatan serta cartridge Xpert MTB/Rif cukup mahal dan dapat memberatkan pasien di negara berkembang apabila tidak didukung dengan dana internasional.
Paxview TB/NTM MPCR-ULFA Kit merupakan metode molekular untuk deteksi TB yang dikembangkan oleh Paxgenbio (Korea) dengan prinsip metode multiplex PCR yang menggunakan target gen IS6110 dan mtp40 yang spesifik untuk M. tuberculosis dan gen rpoB yang spesifik untuk genus Mycobacterium namun tidak terbatas pada MTB saja. Metode ini relatif lebih murah serta prosedur deteksi yang lebih sederhana menggunakan lateral flow assay, di mana umumnya in-house PCR membutuhkan tahapan elektroforesis untuk deteksi hasil amplifikasi. Metode ini juga menawarkan keunggulan yang berbeda dari Xpert MTB/Rif yaitu dapat memperkirakan adanya Non Tuberculosis Mycobacterium (NTM) pada spesimen. Namun belum banyak penelitian yang menganalisis performa Paxview ini untuk deteksi M. tuberculosis dibandingkan dengan Xpert MTB/Rif.
Penelitian ini merupakan suatu penelitian observasional multisenter yang melibatkan pasien suspek TB dari RS Karang Tembok dan RS Ibnu Sina Gresik mulai Juli 2019 sampai Maret 2020. Pasien yang menunjukkan klinis suspek TB dilakukan pemeriksaan Xpert MTB/Rif, mikroskopis BTA dan Paxview TB/NTM MPCR ULFA-Kit.
Secara singkat, pemeriksaan mikroskopis BTA dilakukan dengan pengecatan Ziehl-Neelsen dan diinterpretasi menurut International Union Against Tuberculosis and Lung Disease (IUATLD). Sputum yang telah dilakukan pemeriksaan mikroskopis BTA lalu diinkubasi menggunakan buffer Xpert MTB/Rif kemudian dimasukkan ke dalam cartridge Xpert MTB/Rif dengan seluruh tahapan ekstraksi, amplifikasi dan deteksi terjadi otomatis di dalam cartridge. Sisanya kemudian dilanjutkan dengan pemeriksaan Paxview mulai dari tahapan ekstraksi secara manual, amplifikasi dan deteksi. Deteksi hasil amplifikasi multipel target kemudian dilakukan menggunakan universal lateral flow assay kit yang berdasarkan prinsip hibridisasi DNA-DNA. Interpretasi hasil positif MTB berdasarkan deteksi pada line IS6110 dan/atau mtp40 baik dengan deteksi line rpoB atau tidak. Sampel yang menunjukkan deteksi hanya pada line rpoB saja dieksklusi karena kemungkinan merupakan NTM yang terdeteksi.
Hasil penelitian menunjukkan total sampel yang terkumpul sebesar 317 sampel dengan laki-laki lebih banyak dibandingkan wanita. Positivitas Paxview merupakan yang tertinggi (40,7%) dibandingkan dengan Xpert MTB/Rif (37,9%) dan mikroskopis BTA (33,4%). Nilai diagnostik Paxview dianalisis dengan dibandingkan terhadap Xpert MTB/Rif sebagai metode referensi dengan hasil sensitivitas Paxview sebesar 92,5%, spesifisitas 90,8%, Positive Predictive Value (PPV) 86% dan Negative Predictive Value (NPV) 92,5%.
Berdasarkan hasil penelitian ini kami berpendapat bahwa Paxview TB/TNM MPCR ULFA-Kit menunjukan performa yang cukup baik untuk mendeteksi M. tuberculosis pada spesimen sputum. Sensitivitas yang cukup baik ini kemungkinan disebabkan karena penggunaan gen IS6110 yang dikenal baik sensitivitasnya untuk diagnosis TB paru maupun TB ekstrapulmonal dikarenakan terdapat multiple copies pada genom MTB complex. Penambahan gen mtp40 yang eksklusif terdapat pada MTB juga berperan pada peningkatan sensitivitas.
Keunggulan lain yaitu penambahan gen rpoB yang terdapat pada genus Mycobacterium yang dapat menambahkan deteksi NTM pada sampel, meskipun jika dibandingkan Xpert MTB/Rif, metode Paxview tidak dapat mendeteksi adanya resistensi OAT pada sampel. Penggunaan lateral flow untuk deteksi hasil PCR juga memudahkan penggunaannya jika dibandingkan in-house PCR konvensional. Namun tahapan ekstraksi manual pada Paxview ini memiliki risiko adanya DNA loss yang terjadi saat ekstraksi.
Meskipun penelitian ini menunjukkan hasil yang cukup baik, namun penelitian ini masih memerlukan penelitian lanjutan untuk menganalisis nilai diagnostik Paxview dibandingkan dengan metode kultur sebagai gold standard. Namun demikian hasil penelitian ini menunjukkan bahwa Paxview TB/NTM MPCR ULFA-Kit dapat menjadi salah satu alternatif metode molekular untuk deteksi MTB pada spesimen klinis dengan berbagai kelebihan dan kekurangannya.
Informasi detail dari riset ini dapat dilihat pada tulisan kami di:
https://medicopublication.com/index.php/ijfmt/article/view/15006/13587
Ayunda Imaniar, Ucy Nadjmiyah, Munawaroh Fitriah, Soedarsono, Aryati. Comparison between the PaxView TB/NTM MPCR-ULFA Kit and Xpert MTB/RIF for Mycobacterium Tuberculosis Detection in Indonesian Clinical Isolates. Indina Journal of Forensic Medicine and Toxicology. April – June 2021 Vol. 15 No. 2
