Efektivitas Mini Primer Set Str Codis dalam Degradasi DNA Efek Paparan Suhu Tinggi

Share on facebook
Share on google
Share on twitter
Share on linkedin
Ilustrasi DNA Manusia. (Sumber: IDN Time)

Identifikasi forensik dengan pemeriksaan DNA yang dapat digunakan untuk menentukan asal usul anak; kasus paternitas; hubungan kekeluargaan; maupun identifikasi korban tak dikenal, semakin hari semakin diakui keberadaannya dalam menunjang penegakan hukum di tanah air. Hanya saja dalam perkembangannya pemeriksaan dengan menggunakan bahan DNA ini bukannya tanpa persoalan. Salah satu persoalan yang seringkali menjadi masalah yang serius bagi ahli DNA forensik maupun ahli DNA lainnya adalah kondisi DNA yang tergedradasi atau yang dikenal dengan istilah degraded DNA

Salah satu alternatif yang ditempuh dalam degradasi DNA  saat ini oleh ahli DNA forensik adalah melalui penggunaan mini primer set, yakni melalui metode pengurangan ukuran STR assays, pada pemeriksaan lokus DNA inti.

Penelitian ini menggunakan perlakuan suhu rerata pada penelitian S.Thanakum (1999) yakni 5000C dan penelitian Sosiawan (2007) yakni 7500C serta rentang waktu 20 menit merupakan waktu tertinggi penelitian S.Thanakum dan rentang waktu 30 menit waktu tertinggi penelitian Sosiawan.

Meski demikian sampai saat ini belum ada penelitian yang spesifik tentang keberhasilan penggunaan mini primer set sebagai cara alternative untuk identifikasi DNA forensik dengan menggunakan DNA yang telah terdegradasi atau degraded DNA khususnya pada DNA inti. Hal ini diperlukan untuk dapat menentukan lokus-lokus (terutama lokus CSF1PO, FGA dan D21S11) yang sangat potensial digunakan untuk pemeriksaan degraded DNA.

Metode dan Hasil

Jenis Penelitian  eksperimental laboratories dan rancangan penelitian  randomized post test only control group design. Sampel penelitian gigi molar dua dari jenasah T4  sebanyak 16 buah gigi. Variabel penelitianyaknivariabel tergantung : mini STR CODIS lokus FGA, CSF1PO & D21S11, variabel bebas : paparan suhu 5000C dan 7500C selama 20 menit dan 30 menit..

Hasil uji ANOVA dari kadar DNA menunjukkan terdapat pengaruh perlakuan terhadap penurunan kadar DNA bahan (nilai yang didapat sig: 0.000, batas signifikan p<0.05). Hasil uji t  menunjukkan perbandingan kadar DNA bahan tulang yang berbeda bermakna (batas signifikan jika nilai p<0.05) diantara paparan suhu : 5000C-20 menit  : 5000C-30 menit ;  5000C-20 menit : 7500C-20 menit ;     5000C-20 menit  : 7500C-30 menit ;  5000C-30 menit : 7500C-20 menit ;     5000C-30 menit   :   7500C-30 menit ;  7500C-20 menit  : 7500C-30 menit. 

Hasil menunjukkan  bahwa pada pemeriksaan STR terhadap DNA bahan gigi melalui lokus FGA  paparan suhu 5000C untuk waktu 20 dan 30 menit serta 7500C untuk waktu 20 menit  masih dapat dideteksi (31.25% sampel) sedangkan lokus CSF1PO pada paparan suhu 5000C untuk waktu 20 menit sampai 7500C untuk waktu  30 menit masih dapat dideteksi (56.25%).  Untuk lokus D21S11 pada paparan suhu 5000C untuk waktu 20 menit sampai paparan suhu 7500C untuk waktu  30 menit tidak dapat dideteksi.

Kadar DNA merupakan faktor penting dalam pemeriksaan DNA forensik yakni erpengaruh terhadap keberhasilan STR genotyping pada sampel-sampel DNA.  Penurunan kadar DNA hingga 1 ng berpotensi terhadap penurunan kemampuan deteksi short tandem repeat (STR) hingga 95% . Kadar DNA minimal yang dibutuhkan pada pemeriksaan DNA forensik masing-masing sebesar 50 ng dan 20 ng, sedangkan Butler (2005), kadar DNA dalam pemeriksaan  STR minimal 0.5-2.5 ng.

Di samping kadar DNA sampel pada pemeriksaan DNA berbasis Polymerase Chain Reaction (PCR) juga dibutuhkan kualitas DNA yang mencukupi. Kualitas DNA yang dimaksud yakni bahwa DNA yang digunakan dalam analisis harus dalam kondisi yang belum terdegradasi. Jika DNA mengalami degradasi parah mengakibatkan primer tidak dapat menempel pada DNA target yang akan digandakan.  Untuk mendapatkan hasil visualisasi yang adekuat dibutuhkan kemurnian DNA yang adekuat dan kadar DNA yang memadai, sehingga DNA dapat digunakan sebagai bahan pemeriksaan DNA termasuk dalam hal ini adalah identifikasi dan tes paternitas. 

Hasil penelitian ini hanya lokus  CSF1PO dengan mini primer menunjukkan masih terdeteksi pada paparan  suhu  7500C untuk waktu 30 menit yang merupakan suhu maksimal dalam penelitian ini.  Hal ini menunjukkan bahwa pada pemeriksaan DNA bahan gigi melalui deteksi lokus STR didapatkan respon deteksi yang berbeda pada berbagai paparan suhu tinggi yang telah diberikan pada sampel gigi.

Gigi juga memiliki ’mineral hard tissue’  yang lebih lengkap. Mineral tersebut yang dikenal dengan apatites  sebagian besar berupa hydroxyapatite. Disamping itu gigi memiliki mineral sekunder yang penting, dimana kandungan di gigi lebih tinggi daripada tulang, yakni : Calcite, limonite, pyrite dan vivianite, sehingga gigi memiliki suatu ketahanan atau perlindungan yang kuat.

Penggunaan mini primer merupakan alternatif sebagai pengganti primer standar dalam kondisi DNA mengalami degradasi, dimana dengan penggunaan primer standar pada kondisi tersebut, tingkat keberhasilannya rendah.  Mini primer merupakan redisain primer yakni mengurangi amplicon size dengan cara menggeser posisi primer sedekat mungkin dengan daerah perulangan. Mini primer   merupakan pilihan alternatif yang lebih  menarik untuk keperluan analisis forensik pada DNA yang terdegradasi dibandingkan dengan analisis forensik dengan menggunakan mtDNA.

Keberhasilan deteksi lokus tersebut ditunjang oleh  adanya perbedaan amplicon product, kandungan GC  atau ikatan guanin-sitosin pada masing-masing lokus. Kandungan GC memiliki tingkat kestabilan yang tinggi terhadap  denaturasi dibandingkan dengan ikatan antara adenin dan timin.

Hasil perhitungan rasio kandungan GC mempunyai nilai yang bermakna. Dari lokus-lokus yang  yang diteliti, rasio GC content dalam primer adalah sebagai berikut lokus   CSF1PO : 42.6%,  FGA :35.7%, D21S11 : 34.1%. Disamping itu, adanya deretan adenin    (consecutive adenine) merupakan target potensial untuk kerusakan DNA yang disebabkan paparan suhu panas. Adenin merupakan basa yang paling mudah teroksidasi.

Hambatan/kendala yang dihadapi dalam pelaksanaan penelitian ini yakni: belum homogennya sampel yang didapat, hal ini akibat sedikitnya/terbatasnya jumlah jenasah yang berstatus T4 (tempat tinggal tidak tetap). Disamping itu juga jangka waktu inden pemesanan primer yang lama.

Penulis : Ahmad Yudianto

Informasi detail dari riset ini dapat dilihat pada tulisan kami di :

https://www.hindawi.com/journals/acp/

Berita Terkait

UNAIR News

UNAIR News

Media komunikasi dan informasi seputar kampus Universitas Airlangga (Unair).

Leave Reply

Close Menu