Merremia spp adalah tanaman gulma, adanya invasi M. peltata juga mampu mengubah struktur dan komposisi spesies dalam ekosistem alami. Spesies lain menjadi tidak mampu bersaing dengan M. peltata, keanekaragaman hayati di daerah tersebut menurun, dan akhirnya terancam kepunahan. Penelitian ini bertujuan untuk menilai karakter fisiologi M. peltata (L.) Teknik RAPD menggunakan sekuens primer pendek untuk mengamplifikasi DNA genom secara acak. Selain itu, keberhasilan amplifikasi primer pada DNA cetakan dipengaruhi oleh kualitas dan kuantitas DNA, konsentrasi MgCl2, enzim DNA polimerase Taq, dan suhu perlekatan primer8. Oleh karena itu, tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui hubungan genetik Merremia spp. Berdasarkan pita DNA dengan menggunakan teknik RAPD, juga untuk mengetahui panjang pita DNA yang dapat mempengaruhi clustering Merremia spp. ke dalam dendrogram. Hubungan genetik Merremia spp. memiliki peran penting dalam pengembangan sumber genetik yang dibutuhkan untuk membudidayakan tanaman yang berkaitan dengan proses habitat dan pemanfaatannya.
Metode dalam penelitian ini, untuk isolasi DNA digunakan metode dari Porebski et al. (1997). Metode yang digunakan untuk menganalisis hubungan genetik Merremia spp. adalah dengan DNA polimorfik yang diperkuat secara acak atau RAPD. Tiga primer yang digunakan adalah OPA 1, OPA 3, dan OPA 18 yang dapat menghasilkan pita DNA dengan jelas dan terpisah dengan baik. Jumlah pita DNA hasil amplifikasi menggunakan primer tersebut sebanyak 18 pita pola dengan panjang antara 400 bp sampai dengan 1000 bp. Pita yang muncul akan diterjemahkan ke dalam data biner dan dianalisis dengan program MVSP versi 3.22. Selanjutnya proses amplifikasi DNA dilakukan dengan PCR. Primer yang digunakan adalah OPA-1, OPA-3, dan OPA-18. Komposisi pelarut PCR terdiri dari 1 µL primer OPA-1, OPA-3, dan OPA-18; 2,75 µL ddH2O; 5 µL Campuran PCR; 0,25 µL BSA; dan 1 µL cetakan DNA. Jadi jumlah total campuran adalah 10 µL untuk setiap tabung mikro. PCR dilakukan selama 45 siklus denaturasi pada suhu 95 ºC selama 3 menit, 94 ºC selama 1 menit, anil pada suhu 37 ºC selama 1 menit, pemanjangan pada suhu 72 ºC selama 2 menit, dan pemanjangan terakhir pada suhu 72 ºC selama 5 menit.
Hasil PCR dianalisis dengan elektroforesis menggunakan gel agarosa 1,5%. 5 µL hasil PCR dicampur dengan 1 µL loading dye dan dimasukkan ke dalam masing-masing well. Marker yang digunakan dalam penelitian ini adalah DNA ladder 100 bp. Elektroforesis dijalankan pada 70 V selama 60 menit. Hasilnya didokumentasikan dengan Gel DocTM XR + Imager (Bio-Rad Laboratories). Pita yang muncul diterjemahkan menjadi nomor satu (1) sedangkan pita tidak tergabung diterjemahkan menjadi nomor nol (0). Sehingga data akan ditulis dalam Ms. Excel kemudian dianalisis dengan Multivariate Statistics Package (MVSP) versi 3.22.
Jumlah pita DNA hasil amplifikasi menggunakan primer tersebut adalah 18 pita pola dengan panjang antara 400 bp sampai 1000 bp. Pita yang muncul akan diterjemahkan ke dalam data biner dan dianalisis dengan program MVSP versi 3.22. Hasil riset ini menunjukan bahwa bahwa (1) hubungan genetik yang paling dekat terdapat pada M. peltata dan M. mammosa yang menghasilkan indeks kesamaan 0,571 atau 57,1%. (2) hubungan genetik paling dekat adalah M. umbellate dan M. peltata dengan nilai indeks kemiripan 0,357 atau 35,7%. (3) Hasil analisis komponen utama (PCA) menunjukkan bahwa panjang pita 400 bp, 650 bp, 900 bp, 1000bp, 1400 bp, dan 1600 bp dari PCA, memiliki peran yang signifikan dalam clustering Merremia spp. ke dalam dendrogram.
Penulis: Dr. Hamidah, M.Kes
Informasi detail dari riset ini dapat dilihat pada tulisan kami di:
