Lengkapnya kajian sumber daya ikan di Korea telah menyentuh beragam aspek. Termasuk penyusunan seluruh database ikan-ikan air tawar yang hidup di perairan tawarnya. Berdasar informasi resmi yang dirilis Pemerintah Korea, terdapat tiga spesies pada Genus Odontobutis ditemukan di perairan tawar Korea, yaitu Odontobutis platycephala, O. interrupta, dan O. obscura (Chae 1999; Iwata and Sakai 2002; Jun et al. 2016). Kelompok ikan Odontobutis merupakan ikan asli di kawasan Timur Asia. Penelitian terbaru menunjukkan bahwa O. platycephala ditemukan diseluruh pesisir Korea, keculai wilayah pesisir utara (Iwata et al., 1985).
Laporan ini merupakan laporan ilmiah pertama yang disusun tentang karakteristik mitochondrial genome pada ikan Odontobutis platycephala dari perairan Sungai Nakdong di Korea Selatan. Sampel dikoleksi pada tahun 2018 dari Sungai Nakdong di Busan, Korea (E128o06’27.73”; N35o32’20.96”). Konfirmasi identifikasi dilakukan secara morfologi dan molekuler.
Secara morfologi, O. platycephala dapat dibedakan dengan jenis Odontobutis lainnya karena memiliki dua sensori kanal pada pre-operkulomandubular pit line (Iwata et al., 1985). Sedangkan, identifikasi secara molekuler melalui marken gene Cytochrome c oxidase I (COI), hasil yang didapatkan bahwa spesimen tersebut yang memiliki kemiripan 99.82 persen dengan Odontobutis platycephala (JX679047). Spesimen pada penelitian ini telah disimpan pada Marine Biodiversity Institute of Korea (MABIK GR00002616).
Karakteristik Mitochondrial Genome
Karakteristik mitochondrial genome pada jenis ikan ini hampir sama dengan kelompok ikan pada umumnya. Complete genome pada mitochondrial diketahui berbentuk sirkular dengan panjang untaian, yaitu 17.590 bp dengan GenBank pada NCBI dengan nomor akses MN416814. Komposisi complete gen tersebut terdiri atas 13 gene penyandi protein, 22 transfer RNA, dua ribosomal RNA (12S dan 16S).
Selain itu, komposisi sirkuler gene tersebut terdapat control region dan non-coding region. Control region berada di antara transfer RNA Proline dan transfer RNA Phenilalamin, sementara non-coding region yang disebut origin of light strand (OL) teridentifikasi berada di dalam cluster WANCY tRNA, yaitu di antara tRNA Asparagin dan tRNA Cystein. Panjang sequence pada control region diketahui sebesar 1.287 bp, sedangkan OL hanya sepanjang 32 bp.
Dari sejumlah protein coding, 12 gene teridentifikasi berada posisi heavy (H strand) dan hanya ND6 yang berada posisi light (L strand). Seperti yang ditemukan pada genus Odontobutis Pada bagian Cytochrome c oxidase I, start kodon diawali dengan start kodon yang tidak umum, yaitu GTG, sedangkan pada protein coding lainnya start kodong diawali dengan ATG seperti pada umumnya. Pada mitochondrial genome ini, ditemukan pula ketidaklengkapan stop kodon dalam bentuk TA- atau T– yaitu pada delapan protein coding meliputi ND1, ND2, ATP, COX2, COX3, ND3, ND4, dan Cytochrome b. Terjadi rearrangement pada susunan tRNA yang ada di antara ND4 dan ND5 seperti halnya ditemukan pada genus Odontobutis (Ki et al., 2008).
Pohon Filogenetik dan Status kekerabatan
Tinjauan kekerabatan ikan Odontobutis platycephala dapat diketahui dengan analisis phylogenetic dengan software Mega versi 7 dengan algorithma Minimum Evolusi (Kumaret al. 2016). Seluruh sequence pembanding pada Family Gobiiiformes didapat dari GenBank database yang di dapatkan secara daring dari portal https://www.ncbi.nlm.nih.gov/. Hasil analisis menunjukkan bahwa sequence Odontobutis platycephala pada studi ini memiliki identity kesamaan 96.98 persen dengan spesies yang sama dari haplotype Korea (NC010199), diikuti oleh spesies lain dari China, yaitu Odontobutis yaluensis (85.83 persen) (Gambar 1).
Analisis ini membantu pada peneliti memahami bahwa meskipun spesies yang sama Odontobutis platycephala dari Korea memiliki jarak genetik yang cukup diperhitungkan dan memerlukan kajian lebih mendalam terkait aspek biogeographical untuk memahami mengapa perbedaan tersebut terjadi terkait pula dengan hubungan proses evolusi yang terjadi pada genus Odontobutis.
Gambar. Rekonstruksi pohon filogenetik species Odontobutis platycephala.
Pustaka
Chae BS. 1999. First record of odontobutid fish, Odontobutis obscura (Pisces, Gobioidei) from Korea. Kor J Ichthyol. 11:12–16.
Iwata A, Sakai H. 2002. Odontobutis hikimius n. sp.: a new freshwater goby from Japan, with a key to species of the genus. Copeia. 2002(1): 104–110.
Iwata, A., Jeon, S.-R., Mizuno, N. & Choi, K.-C. 1985. A revision of the eleotrid goby genus Odontobutis in Japan, Korea and China. Japanese Journal of Ichthyology, 31, 373-388.
Jun J, Choi SH, Kum JD. 2016. Complete mitochondrial genome of the endemic South Korean species Odontobutis interrupta (Perciformes, Odontobutidae). Mitochondr DNA A. 27:2957–2959.
Ki JS, Jung SO, Hwang DS, Lee YM, Lee JS. 2008. Unusual mitochondrial genome structure of the freshwater goby Odontobutis platycephala: rearrangement of tRNAs and an additional non-coding region. J Fish Biol. 73(2):414–428.
Kumar S, Stecher G, Tamura K. 2016. MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol Biol Evol. 33(7): 1870–1874.
Penulis: Dr. Sapto Andriyono
Tulisan selengkapanya dapat ditemukan di https://doi.org/10.1080/23802359.2019.1687362.
