Coronavirus adalah virus single-stranded ribonucleic acid (RNA) positif yang dapat menginfeksi beberapa spesies melalui transmisi zoonosis. Partikel virus coronavirus adalah partikel virus berbentuk mahkota yang heterogen, bulat, dengan diameter berkisar antara 80–160 nm. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) memiliki beberapa protein struktural utama termasuk envelope, membrane, nukleoprotein, dan spike protein. Spike protein memfasilitasi infeksi SARS-CoV-2 yang berinteraksi dengan human angiotensin-converting enzyme- 2 (ACE-2) protein, yang bertindak sebagai reseptor, dan diekspresikan di berbagai jaringan di dalam tubuh. Keberadaan reseptor virus yang melimpah ini dapat menyebabkan penyebaran infeksi yang cepat. Selain itu, protein lonjakan sebagai protein utama yang menarik seperti amplop, membran, dan nukleoprotein juga dapat memiliki kemampuan imunogenik. Surveilans genomik di seluruh dunia telah membuktikan bahwa protein lonjakan menunjukkan kecenderungan untuk memiliki banyak situs mutasi.
Beberapa mutasi utama yang menjadi perhatian pada SARS-CoV-2 menargetkan protein lonjakan seperti di Inggris (garis keturunan B.1.1.7), Afrika Selatan (B.1.351), dan Brasil (garis keturunan P.1), dan menyebabkan kekhawatiran sebagai mutasi ini bertanggung jawab untuk meningkatkan morbiditas infeksi SARS-CoV-2 dan resistensi netralisasi serum. Namun, mutasi ini tidak terbukti berkorelasi dengan tingkat keparahan dan kematian COVID-19.
Infeksi SARS-CoV-2 menyebabkan Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) yang pertama kali dilaporkan di Wuhan, China, pada Desember 2019 dan meningkat dengan cepat hingga dinyatakan sebagai pandemi global oleh Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) pada Maret. 2020. SARS-CoV-2 menyebar melalui droplet dan infeksi yang diperantarai aerosol yang berhubungan dengan gejala utama COVID-19 dari keluhan pernapasan yang bervariasi dari gejala ringan hingga sindrom gangguan pernapasan akut (ARDS). Namun, dalam perkembangan terakhir Dilaporkan bahwa infeksi SARS-CoV-2 dapat menyebar dari pintu masuk saluran pernapasan ke seluruh tubuh manusia, dan dapat menimbulkan berbagai manifestasi klinis, mulai dari gejala gastrointestinal (diare, mual, dan muntah), neurologis gejala (anosmia dan penurunan indera perasa), gejala oftalmologis (konjungtivitis), gejala nefrologis (cedera ginjal akut), keadaan hiperkoagulabilitas, dan sepsis virus sistemik.
Indonesia, salah satu negara tropis di Asia Tenggara, mulai mendeteksi dan melaporkan pasiennya nihil pada 2 Maret 2020, di Jakarta. Setelah dua kasus terkonfirmasi pertama dinyatakan positif terinfeksi SARS-CoV-2, infeksi mulai menyebar ke seluruh kepulauan Indonesia. Pada Mei 2020, kejadian SARS-CoV-2 terus meningkat di Surabaya, membuat merupakan episentrum kedua di Indonesia setelah Jakarta.
Indonesia merupakan negara terpadat keempat di dunia yang terkena dampak pandemi COVID-19, dan berbagai bidang yang menjadi perhatian nasional telah terkena dampaknya, termasuk ekonomi, politik, dan kesejahteraan manusia. Para peneliti di seluruh dunia kini berlomba menanggulangi SARS-CoV-2, bertujuan untuk mengendalikan dampaknya dengan pendekatan holistik. Pengembangan dan evaluasi alat diagnostik COVID-19, manajemen klinis, dan kandidat vaksin diketahui menjadi prioritas global, terutama perlindungan penyedia layanan kesehatan sebagai pekerja garis depan di manajemen dan mitigasi pandemi, karena mereka lebih terpapar COVID-19. Ketika SARS-CoV-2 menyebar ke seluruh dunia, terungkap bahwa, berdasarkan database seluruh genom SARS-CoV-2 yang dilaporkan, SARS-CoV-2 telah mengalami beberapa mutasi genetik dari nenek moyangnya, menghasilkan bukti untuk garis keturunan yang berbeda pada musim panas 2020. Oleh karena itu, disarankan bahwa isolasi dan karakterisasi strain SARS-CoV-2 dari berbagai tempat diperlukan untuk memastikan rencana pengelolaan SARS-CoV-2 yang dibuat khusus dan sesuai untuk kondisi tertentu. Genom SARS-CoV-2 yang telah dilaporkan di Indonesia sebagian besar terdiri dari garis keturunan B.1 berdasarkan GISAID SARS-CoV-2 database genom dan mereka berbeda dari isolat Wuhan
Dilaporkan bahwa pada tingkat populasi, herd immunity yang relatif tidak mencukupi untuk mendorong mutasi yang signifikan, dan ada beberapa mutasi lonjakan yang meningkatkan penularan virus tanpa perubahan signifikansi klinis seperti D614G. Selain itu, sistem kekebalan yang terpapar pada varian SARS-CoV-2 dapat aktif juga pada varian lain, mengingat pembentukan antibodi poliklonal untuk beberapa epitop. Penelitian ini adalah penelitian pertama yang mengkarakterisasi SARS-CoV-2 isolat lokal Jawa Timur, Indonesia. Penelitian ini mengumpulkan material SARS-CoV-2 dari tiga isolat virus dan sel Vero E6 yang terinfeksi. Selanjutnya, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakterisasi SARS-CoV-2 isolat lokal Jawa Timur Indonesia.
Berdasarkan karakterisasi molekuler dan imunogenisitas SARS-CoV-2 Jawa Timur, Indonesia menunjukkan titer yang tinggi dan mengalami mutasi di beberapa daerah. Studi lebih lanjut masih diperlukan untuk menguji stabilitas genetik dan imunogenik untuk eksplorasi seed vaksin dan membutuhkan lebih banyak penyelidikan dan validasi klinis.
Penulis: Prof. Dr. Fedik Abdul Rantam, drh.