Senyawa trimer stilbenoid merupakan senyawa metabolit skunder yang terdiri dari tiga monomer resveratrol yang dihubungkan melalui siklik 2,3-dihydrofuran. Selain itu, senyawa trimer stilbenoid dapat diisolasi pada tanaman Dryobalanops oblongifolia dan Vitis labrusca yang tersebar luas di wilayah Indonesia khususnya di pulau Sumatra dan Kalimantan. Senyawa trimer stilbenoid yang berhasil di isolasi dan dikarakteriasi adalah senyawa (-)-a-viniferin (TS1), Cis-Diptoindonesin B (TS2) dan Trans-Diptoindonesin B (TS3).
Berdasarkan kajian beberapa penelitian sebelumnya melaporkan bahwa senyawa trimer stilbenoid yang diperoleh dari natural produk merupakan salah satu solusi dalam memperoleh inhibitor yang potensial terhadap penghambatan kanker. Lebih spesfik lagi, senyawa trimer stilbenoid mampu menghambat enzim SIRT1 yang merupakan isoform keluarga enzim Sirtuin (SIRT1-SIRT7) yang bertanggungjawab terhadap perkembangan sel kanker. Telah diketahui juga bahwa hasil ekpresi berlebihan dari enzim SIRT1 berefek terhadap perkembangan kanker, seperti kanker payudara kanker kolon dan kanker prostat. Oleh sebab itu, studi mengenai penghambatan enzim SIRT1 sangat menjanjikan sebagai target penghambatan dalam menekan pertumbuhan kanker.
Kombinasi dan intergrasi teknik molecular docking dan molecular dynamic (MD) simulation menjadi fokus utama dalam mempelajari potensi senyawa trimer stilbenoid sebagai inhibitor enzim SIRT1. Pendekatan in silico berbasis struktur memiliki kelebihan dalam mempelajari mekanisme penghambatan melalui interaksi antara ligan dan reseptor pada tingkat molekuler. Evaluasi energi interaksi antara ligan dan receptor melalui kombinasi molecular docking dan MD simulation merupakan parameter utama yang difokuskan. Analisis binding free energy (∆G) menggunakan metode Quantum Mechanics/generalized Born Surface Area (QM/MM-GBSA) menunjukan senyawa TS2 dan TS3 memiliki potensi yang baik sebagai inhibitor enzim SIRT1 dengan nilai ∆G (kcal mol-1), yaitu TS2: -58.99 ± 0.34 dan TS3: -43.38 ± 0.35. Pendekatan berbasis struktur melalui pertimbangan parameter penting yang disajikan dalam penelitian ini diharapkan dapat membantu dalam memahami mekanisme penghambatan trimer stilbenoid terhadap enzim SIRT1.
Penulis: Dr. Nanik Siti Aminah, M.Si
Uraian lebih jauh terkait penelitian ini disajikan secara lengkap pada artikel yang diterbitkan oleh jurnal “RSC Advances” dengan judul sebagai berikut:
“Exploration of trimer stilbenoid as a potential inhibitor of Sirtuin1 enzyme using molecular docking and molecular dynamic simulation approach”
Penulis: Muhammad Ikhlas Abdjan (Universitas Airlangga), Nanik Siti Aminah (Universitas Airlangga), Imam Siswanto (Universitas Airlangga), Alfinda Novi Kristanti (Universitas Airlangga), Yoshiaki Takaya (Meijo University, Japan), M. Iqbal Choudhary (ICCBS, Pakistan)
link sebagai berikut: https://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2021/RA/D1RA02233D#!divAbstract
