Pada 30 Desember 2019, pemerintah Cina melaporkan adanya wabah penyakit baru dengan gejala pneumonia yang menyebar di Wuhan. Secara lebih lanjut agen penyebab tersebut diidentifikasi oleh International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) bernama SARS-CoV-2 dan oleh WHO diberikan nama baru untuk penyakit yang ditimbulkan yaitu Corona Virus Disease – 19 (COVID-19) yang menggantikan nama sebelumnya pneumonia Wuhan. Virus baru ini dengan cepat menyebar ke seluruh Cina dan negara lain, termasuk Indonesia.
SARS CoV-2 bukanlah jenis virus corona pertama yang berakibat fatal dan menyerang manusia. Terdapat dua virus corona pendahulunya yang telah menyebabkan penyakit pada manusia hingga menimbulkan kematian yaitu: Severe Acute Respiratory Syndrom Coronavirus (SARS-CoV) yang menyebabkan penyakit SARS pada tahun 2002 dan Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV) yang menyebabkan penyakit MERS pada tahun 2012. Coronavirus termasuk dalam keluarga Coronaviridae dari ordo Nidovirales. Keluarga virus corona terdiri dari virus corona alfa, beta, gamma, dan delta. Istilah “corona” mencerminkan bentukan yang seperti mahkota di permukaan virus. Dengan diameter virus sekitar 65–125 nm dan RNA untai tunggal yang memiliki panjang sekitar 26–32 kbs. Protein yang membentuk struktur virus dikode oleh empat gen structural yaitu: gen envelope (E), gen membran (M), gen nukleokapsid (N), dan gen spike (S). Menariknya, spike-glikoprotein memainkan peran penting dalam mengikat reseptor sel inang dan merupakan target utama untuk menetralkan antibodi.
Vaksin telah terbukti dapat menurunkan tingkat morbiditas dan mortalitas dari banyak penyakit menular. Namun hingga saat ini, virus SARS-CoV2 masih mewabah diseluruh dunia dan belum ada pengobatan maupun vaksin yang mempu mengatasi penyakit ini. Sehingga penelitian dan pengembangan vaksin yang efektif untuk melawan infeksi SARS-CoV-2 masih sangat diperlukan. Kemajuan dalam biologi molekuler dan bioteknologi mendorong konstruksi konsep baru dalam vaksinologi. Protein rekombinan sintetik yang mengandung epitop dapat diproduksi secara efisien dengan metode bioteknologi modern. Oleh karena itu, vaksin berbasis epitop disarankan sebagai potensi baru untuk vaksin yang efektif melawan SARS-CoV-2. Termasuk penelitian yang menerapkan analisis bioinformatika untuk mendapatkan data prediksi epitop sel B, prediksi antibodi protektif, dan konstruksi pohon filogenetik molekuler dari isolat SARS-CoV-2.
Hasil Penelitian menunjukkan bahwa pengembangan vaksin dengan pendekatan biologi molekuler dapat dijadikan sebagai dasar penelitian awal analisis in silico dari antigen yang paling protektif sebelum melakukan percobaan konfirmasi (in vitro dan in vivo). Pendekatan ini memudahkan pemilihan virus yang paling cocok digunakan sebagai kandidat vaksin dari ratusan bahkan ribuan isolat virus yang didapatkan. Selain mudah, metode ini juga memiliki keuntungan lainnya yaitu biaya yang rendah, dapat dilaksanakan dalam jangka waktu yang cepat, dapat dilaksanakan diluar laboratorium, dan tidak ada resiko penularan karena dilaksanakan dengan sistem komputasional.
Penulis: drh. Martia Rani Tacharina, M.Si
Informasi detail dari riset ini dapat dilihat pada tulisan kami di: https://www.teknolabjournal.com/index.php/Jtl/article/view/221
(Immunobioinformatics analysis and phylogenetic tree construction of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) in Indonesia: spike glycoprotein gene)
