Ikan dalam Pseudotolithus (Keluarga: Sciaenidae) tersebar luas di sepanjang pantai Afrika Barat dari Senegal hingga Angola. Kawasan ini menjadikan ikan ini sebagai salah satu ikan ekonomi penting di negara-negara tersebut (Bayagbona 1969). Meskipun enam spesies saat ini telah dilaporkan masuk dalam genus Pseudotolithus, sejumlah peneliti masih mengalami kesulitan untuk mengidentifikasi spesies lain dalam genus. Hal ini dikarenakan adanya kesamaan morfologi dan distribusi geografis yang sama pula. Diskriminasi Pseudotolithus senegalensis dari Pseudotolithus typus sangat menantang dalam melakukan identifikasi berdasarkan morfolohi, meskipun jumlah duri pada sirip punggung dan panjang antar orbital dianggap sebagai kunci untuk membedakannya (Sossoukpe 2011). Oleh karena itu, enam spesies dalam genus Pseudotolithus telah dicatat dalam data perikanan, yang bermasalah untuk pengelolaan sumber daya yang efisien di sepanjang negara-negara Afrika Barat. Dalam penelitian ini, P. typus Bleeker, 1863, dikumpulkan dari lepas pantai Sierra Leone, dan informasi DNA mitokondria lengkapnya ditentukan dengan menggunakan Next Genetation Sequencing (NGS) dan analisis bioinfomatik sebagai bagian dari upaya pengelolaan ilmiahnya. Spesimen dikumpulkan dari lepas pantai Sierra Leone (8o00’0.00”N 14o03’36.0”W) selama survei lintas batas FAO/EAFNANSEN 2019
Identitas spesimen dikonfirmasi oleh 99,6% identitas di wilayah gen Cytochrome c oxidase sub unit I (COI) pada sequence yang ada di GenBank database (KP722770) dan juga karakteristik morfologinya. Spesimen dan DNA ikan ini disimpan di Marine Biodiversity Institute of Korea (https://www.mabik.re.kr/html/en/, Ha Yeun Song, dan hysong@mabik.re.kr) dengan nomor GR00004774. Untuk sekuensing mitogenome, DNA mitokondria diekstraksi dengan kit isolasi DNA komersial (Abcam, Cambridge, UK), yang selanjutnya dicukur oleh Covaris M220 Focused-Ultrasonicator (Covaris Inc., San Diego, CA). Proses selanjutnya adalah penyiapan prosedur library untuk pengurutan dibuat menggunakan kit persiapan Library TruSeqVR RNA (Illumina, San Diego, CA) sesuai dengan manual pabrikan. Perakitan pembacaan file asli (raw file) dan anotasi gen yang diperoleh dilakukan oleh perangkat lunak GeneiousVR 11.0.2 (https://www.geneious.com). Lokasi dan struktur 22 tRNA diprediksi oleh perangkat lunak tRNAScan-SE (Lowe dan Chan 2016). Pembuatan pohon filogenetik dibangun dengan menggunakan data 12 sekuens mitogenom menggunakan perangkat lunak MEGA X dengan algoritma Maksimum Likelihood (ML) (Kumar et al. 2018). Species ikan Oplegnathus fasciatus dalam famili Oplegnathidae digunakan sebagai anggota outgroup. Genom mitokondria lengkap P. typus telah mendapatkan no Akses pada GenBank yaitu MW465657 dengan panjangnya untainay 16.504 bp. Untaian nukleotida tersebut mengkodekan 13 gen pengkode protein (PCGs), 2 RNA ribosom (12S & 16S), dan 22 tRNA. Di antara dua wilayah non-coding, wilayah kontrol (828 bp) diidentifikasi antara tRNApro dan tRNAphe, sedangkan asal diduga replikasi untai cahaya (OL) ditemukan dalam sekelompok lima gen tRNA (WANCY). Rasio [A T] terhadap [G C] adalah 1,09, menunjukkan kandungan A T yang sedikit lebih tinggi. Semua 13 PCG dimulai dengan kodon awal yang khas (ATG), sementara kodon berhenti yang tidak biasa (AGA) diidentifikasi dalam gen COX1. Kodon stop yang tidak lengkap (T–/TA) diidentifikasi dalam tujuh gen, termasuk ND2, ND3, ND4, COX2, COX3, ATP6, dan CytB. Kecuali untuk ND6, semua 12 PCG dikodekan pada untai ringan (L). Ukuran prediksi 22 tRNA bervariasi dari 66 – 74 bp. Dua puluh satu dari mereka membentuk struktur daun semanggi yang khas, kecuali untuk tRNASerGCT, yang tidak memiliki lengan-D seperti yang ditunjukkan pada metazoa tipikal (Watanabe et al. 2014).
Analisis filogenetik menunjukkan bahwa 11 spesies dalam famili Sciaenidae dikelompokkan bersama secara jelas dari O. fasciatus dalam famili Oplegnathidae. Tiga genom mitokondria dalam genus Pseudotolithus membentuk clade yang berbeda dari spesies lain dalam famili yang sama, mendukung keakuratan informasi mitogenom dalam penelitian ini. Mitogenom P. typus yang diidentifikasi dalam penelitian ini menunjukkan identitas 96,27% dari yang dilaporkan sebelumnya, yang ditangkap di perairan Guinea. Mengingat distribusi P. typus yang luas, diperkirakan bahwa jarak genetik dalam spesies akan tinggi. Oleh karena itu, sekuens genom mitokondria tambahan di berbagai lokasi akan diperlukan untuk memahami struktur populasinya di Afrika Barat. Spesies lain dalam genus yang sama, P. elongatus hanya menunjukkan identitas 88,86% terhadap P. typus dalam penelitian ini. Sayangnya, mitogenom lengkap P. senegalensis, spesies yang paling dekat hubungannya dengan P. typus, belum dilaporkan. Urutan mitogenom tambahan dari spesies Pseudotolithus akan memberikan informasi yang berguna untuk manajemen ilmiah mereka di negara-negara Afrika Barat.
Penulis: Dr. Eng. Sapto Andriyono
Tulisan lengkap dapat disitasi dari :
Jang, Y., Kim, A. R., Fu’adil Amin, M. H., Andriyono, S., Zuweh Jr, J. A., & Kim, H. W. (2021). The complete mitochondrial genome of the longneck croaker, pseudotolithus typus Bleeker, 1863 from Sierra Leone. Mitochondrial DNA Part B, 6(5), 1640-1641. https://doi.org/10.1080/23802359.2021.1927218
