Newcastle Disease Virus (NDV) merupakan salah satu penyakit yang sangat menular dan mematikan pada unggas termasuk unggas air seperti bebek dan angsa yang termasuk reservoir alami virus ND. Berdasarkan data dari Organisasi Kesehatan Hewan Dunia (OIE), penyakit ini merupakan ancaman besar bagi industri perunggasan karena tingginya morbiditas dan mortalitas, serta distribusinya di seluruh dunia yang menyebabkan kerugian ekonomi yang cukup besar. Strain virus ini diklasifikasikan sebagai velogenic (viscerotropic velogenic dan neurotropic velogenic), mesogenic dan lentogenic. Kasus ND yang telah dilaporkan di seluruh dunia memiliki virulensi yang bervariasi, termasuk di Indonesia. Informasi mengenai karakteristik molekuler virus ND yang berasal dari itik sangat terbatas, karena itu diperlukan karakterisasi virus ND secara genotip dan filogenetik dari itik yang tidak dilakukan vaksinasi di Indonesia. Sampel yang telah dikumpulkan diidentifikasi dengan uji HA dan dikonfirmasi dengan uji HI. Isolat positif uji HI kemudian dilakukan PCR dan dilanjutkan dengan sekuensing untuk mengethui susunan nukleotida sehingga dapat dilakukan analisis molekuler yaitu filogenetik dan genotip berdasarkan susunan asam amino.
Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa 8 sampel menunjukkan hasil positif HA, yakni sampel NDV/Duck/B104/19, NDV/Duck/B125/19, NDV/Duck/TD19/19, NDV/Duck/A74/19, NDV/Duck/M147/19, NDV/Duck/BK43/19, dan NDV/Duck/SBY23/19 serta kontrol positif (LaSota). Sampel dengan uji HA positif dilanjutkan dengan uji hemagglutinasi inhibisi (HI). Hasil uji HI terdapat 6 sampel positif yaitu NDV/Duck/B104/19, NDV/Duck/B125/19, NDV/Duck/TD19/19, NDV/Duck/A74/19, NDV/Duck/M147/19, NDV/Duck/BK43/19, dan kontrol positif (LaSota). Berdasarkan analisis filogenetik atau kekerabatan terdapat tiga isolat ND berhubungan dekat dengan isolat yang termasuk ke dalam genotip VII, satu isolat genotip VI dan dua isolat lainnya genotip II. Hal di atas menunjukkan bahwa isolat ND yang berasal dari spesies yang sama memiliki perbedaan kelompok genotip dan tidak membentuk kelompok filogenetik yang sama. Berdasarkan komposisi cleavage site asam amino menunjukkan dua isolat (NDV/Duck/B104/19 dan NDV/Duck/B125/19) memiliki susunan asam amino 112-RRQKRF-117 yang termasuk ke dalam kelompok patotipe velogenik dan empat isolat lainnya termasuk ke dalam kelompok strain lentogenik. Oleh karena itu, karakterisasi molekuler virus ND secara filogenetik dan genotip perlu dilakukakn untuk membantu dalam mengendalikan penyakit.
Berdasarkan hasil analisis kekerabatan atau filogenetik dari penelitian ini menunjukkan bahwa tiga isolat ND berhubungan dekat dengan isolat yang termasuk ke dalam genotip VII, satu isolat genotip VI dan dua isolat lainnya genotip II. Urutan susunan asam amino posisi 112-117 terdapat dua isolat termasuk ke dalam strain velogenik dan empat isolat termasuk strain lentogenik.
Penulis: Fedik Abdul Rantam
Link Jurnal
NAIMAH PUTRI1, RAHAJU ERNAWATI2, JOLA RAHMAHANI2, SUWARNO SUWARNO 2 & FEDIK ABDUL RANTAM2,3, 2021. PHYLOGENETIC RELATIONSHIP AND GENOTYPE VARIATION OF SIX NEWCASTLE DISEASE VIRUSES ISOLATED FROM DUCK IN INDONESIA. Veterinary World, 14 (1) 2021; DOI: 10.14202/vetworld.2021.276-284.
