Ikan Pelari biru, Caranx crysos adalah ikan laut dalam keluarga Carangidae, salah satu taksa paling beragam dalam ordo Perciformes (Souza dan Mafalda J_unior 2008). Berdasarkan informasi data online FishBase (www.fishbase.org) menyebutkan bahwa species Carax crysos ini tersebar luas di Samudra Atlantik di sepanjang garis pantai, mulai dari timur Amerika hingga Afrika barat dan Eropa. Meskipun jenis ikan laut Carax crysos adalah dianggap sebagai salah satu spesies utama dalam berbagai perikanan, informasi taksonominya masih belum jelas, membuat sulit untuk konservasi dan pengelolaan ilmiah (Duarte dkk. 2017). Pada penelitian ini, kami menentukan genom mitokondria C. crysos secara lengkap pertama kali, yang merupakan ikan dari Afrika tepatnya di perairan pesisir Sierra Leone yang nantinya menjadi informasi genetik penting pada spesies ini.
Spesimen Carax crysos dikumpulkan dari lepas pantai Sierra Leone (8_00000.000N, 14_03036.000W) selama survei keragaman ikan Afrika. Identitas spesimen telah dikonfirmasi berdasarkan karakteristik morfologi dan dengan sequencing gen COX1 dari spesimen. Spesimen voucher dan DNA disimpan di Marine Biodiversity Institute of Korea (https://www.mabik.re.kr/html/en/, Ha Yeun Song, and hysong@mabik.re.kr) dengan nomor GR00004768. DNA mitokondria diekstraksi dengan isolasi DNA mitokondria kit (Abcam, Cambridge, UK), yang selanjutnya dilakukan pemotongan secara mekanik oleh Covaris M220 Focused-Ultrasonicator (Covaris Inc., San Diego, CA). Penyiapan Library sebelum proses sequencing dilakukan dengan RNA TruSeqVR V2 yang selanjutnya melalui tahapan Nex Generation Sequensing dengan MiSeq (Illumina, San Diego, CA). Perakitan pembacaan urutan DNA pada file mentah dan anotasi gen dilakukan oleh perangkat lunak GeneiousVR versi 11.0.2 oleh pemetaan terhadap referensi sepecies ikan yang paling dekat kekerabatannya dengan sensitivitas sedang-rendah (Kearse et al. 2012). Lokus dan struktur 22 tRNARNA diprediksi oleh perangkat lunak tRNAScan-SE (Lowe dan Chan 2016). Sebuah pohon filogenetik dibangun dengan urutan nukleotida dari 13 gen pengkode protein (PCG) dari sebelas mitogenome sekuens dalam subfamili Caranginae menggunakan Maksimum Likelyhood (ML) diimplementasikan dalam Program MEGA versi 7.0, di mana substitusi GTR+GAMMA model dan 1000 ulangan bootstrap digunakan (Kumar dkk. 2016). Pada pembuatan pohon filegentik digunakan species Seriola quinqueradiata (aksesi GenBank AB517556) dalam subfamili Naucratinae ditunjuk sebagai kelompok luar untuk memperlihatkan posisi Carax crysos dalam pohon filogenetik secara jelas.
Genom mitokondria lengkap Carax crysos (MW435597) memiliki panjang 16.595 bp, yang dikodekan 13 PCG, 2 gen RNA ribosom (12S rRNA dan 16S rRNA), dan 22 gen tRNA. Wilayah kontrol terletak di antara tRNA pro dan tRNA phe, sedangkan asal diduga dari light-strand replikasi (OL) ditemukan dalam sekelompok lima gen tRNA (WANCY). Rasio A+T yang sedikit lebih tinggi terhadap G+C (1,17) telah teridentifikasi pada hasil laporan ini. Di antara 13 PCG, 12 berisi awal yang khas kodon (ATG), kecuali untuk gen COX1 (GTG). Tidak lengkap kodon stop (T–/TA-) diidentifikasi dalam tujuh gen, termasuk ND2, ND3, ND4, COX2, COX3, ATP6, dan CytB. Kecuali ND6, semua PCG lainnya dikodekan pada untai L. Sementara itu, tRNA yang diprediksi bervariasi dalam ukuran dari 68 hingga 75 bp, dan kebanyakan dari mereka membentuk struktur daun semanggi yang khas, sementara tRNASer-GCT melipat tanpa lengan-D seperti yang ditunjukkan pada metazoan tRNA mitokondria (Watanabe et al. 2014).
Analisis filogenetik mendukung monofil dari subfamili Caranginae (Gambar 1). Species ikan Carax crysos sepenuhnya diselesaikan dalam monoclade dengan tiga spesies lain milik ke genus Caranx, konsisten dengan analisis sebelumnya (Reed et al. 2002; Near et al. 2012). Dalam genus, Carax crysos paling dekat hubungannya dengan Caranx melampygus dan Caranx tile. Urutan mitogenom Carax crysos memberikan informasi untuk pemahaman yang lebih baik tentang hubungan evolusi, studi sistemik, dan mitogenomik dalam keluarga Carangidae.
Penulis: Dr. Eng. Sapto Andriyono
Tulisan lengkap dapat di temukan pada link Jeon, A. Y., Lee, J. H., Andriyono, S., Zuweh, J. A., & Kim, H. W. (2021). The complete mitochondrial genome of the blue runner, Caranx crysos (Mitchill, 1815) (Teleostei: Carangidae). Mitochondrial DNA Part B, 6(4), 1519-1520.
