Newcastle Disease Virus (NDV) Virus merupakan salah satu penyakit penting pada unggas dan burung liar, sebagian besar disebabkan oleh tingginya morbiditas dan mortalitas, serta distribusinya di seluruh dunia dan ancaman ekonomi yang cukup besar sehingga sebagai salah satu penyebab utama kerugian industri unggas Virus ini diklasifikasikan menjadin starin velogenic (viscerotropic velogenic dan neurotropic velogenic), mesogenic dan lentogenic. Sampai saat ini penyakit ini sulit untuk dibebaskan karena itu diperlukan suatu desain vaksin yang sesuai dengan original virus dilapangan dengan cara pemodelan yang berbasis imunoinformatika pada 12 protein fusi (F-protein) NDV yang berperanan sebagai patogenisis NDV dengan cara prediksi epitope dan selanjutnya di analisis dengan Immune Epitope Database. Data yang digunakan untuk analisis struktur 3D berasal dari region conserve yang kemudian dimodelkan menggunakan Model Swiss dan disejajarkan menggunakan perangkat lunak PyMol sofware.
Berdasarkan analisis imunoinformatika sequence NDV yang diambil dari GenBank selanjutnya di analisis homologi region conserve menunjukkan kesamaan 95,51%. Region ini menunjukkan adanya epitope yang dapat berinteraksi dengan limfosit B, karena mempunyai sifat antigenisitas sehingga dapat menginduksi antibody dan sel memori, dan dapat diprediksi protein fusi dapat berikatan dengan sel B rerata -0.173 minimum -0,000 dan maksimum 1,543. Oleh karena itu dapat diprediksi tempat asal urutan peptide 47–58, 68–83 (DKAVNVYTSSQT dan NMPKDKEACAKAPLEA) asam amino mampu mendorong kekebalan yang diinginkanrespon sebagai epitop sel B. Oleh karena itu, prediksi epitope residu protein yang sesuai akan membantu dalam produksi vaksin peptida dengan imunogenik yang kuat dan alergi minimal efek. Selanjutnya untuk memproduksi vaksin dapat dilakukan kloning gen untuk peptida ini vektor pembawa untuk memastikan bahwa vaksin ini akan berhasil memberikan perlindungan jangka panjang. Berdasarkan hasil dari penelitian ini menunjukkan dua epitop (DKAVNVYTSSQT dan NMPKDKEACAKAPLEA) dapat diogunakan untuk menjadi dasar vaksin peptida terhadap penyakit ND (NDV)khusunyayang terkait dengan respons imunhumoral, walaupun diperlukan suatu prediksi lanjutan interaksi peptide dengan sel T (T-lymphocyte)
Penulis: Prof. Fedik Abdul Rantam
Link Jurnal: N. PUTRI1 , I. WULANDARI1 , R. ERNAWATI2 & F. ABDUL RANTAM2,3,2019. MULTI-EPITOPE PEPTIDE VACCINE PREDICTION AGAINST NEWCASTLE DISEASE VIRUS USING
IMMUNO-INFORMATICS APPROACHES. Bulgarian Journal of Veterinary Medicine, 2019 ONLINE FIRST ISSN 1311-1477; DOI: 10.15547/bjvm.2019-0074
