Pelabuhan Ratu merupakan pusat pendaratan ikan di bagian selatan Jawa Barat yang memasok kebutuhan utama ikan untuk pemenuhan kebutuhan protein hewani bagi masyarakat sekitar bahkan hingga Jakarta, ibu kota negara Indonesia. Kawasan Pelabuhan Ratu yang mengarah pada kegiatan perikanan dan peningkatan fasilitas pelabuhan akan terus ditingkatkan untuk kebutuhan perikanan nasional. Selain sebagai sentra perikanan pelagis yang memiliki nilai ekonomi yang luar biasa, wilayah ini juga memiliki potensi keanekaragaman ikan yang tinggi. Dari beberapa laporan disebutkan sedikitnya 50 spesies ikan yang mendarat di Pelabuhan Ratu termasuk dalam kelompok hiu dan pari yang saat ini menjadi perhatian utama banyak pihak.
Pada penelitian kali ini, penerapan metabarcoding eDNA dilakukan pada sampel air laut dari Pelabuhan Ratu, Sukabumi, Jawa Barat untuk memprediksi spesies yang hidup di perairan tersebut. Dalam studi ini, kami juga membangun pohon filogenetik dengan spesies ikan laut yang teridentifikasi berdasarkan pendekatan metabarcoding eDNA. Studi ini akan memberikan informasi awal tentang keanekaragaman hayati, yang akan berguna untuk pemanfaatan sumber daya laut secara berkelanjutan di daerah ini.
DNA Barcoding Ikan Laut Pelabuhan Ratu
Total 23 COI dan 21 12S-16S rRNA sekuens wilayah parsial dihasilkan dari 23 sampel ikan yang mewakili 20 genera, 15 famili, dan tiga ordo. Pengurutan langsung (Sanger sequencing) wilayah parsial COI dan 12S-16S rRNA menghasilkan lebih dari 600 pasangan basa nukleotida per takson (rata-rata 602 bp untuk COI dan 627 bp untuk wilayah parsial 12S-16S rRNA). Ketidakjelasan dan kesederhanaan diamati di antara semua urutan, dan tidak ada kodon stop, penghapusan dan penyisipan yang diamati di semua urutan. Semua urutan telah diserahkan ke NCBI dan mendapat nomor aksesi GenBank.
Kemudian, pada penelitian kali ini, metabarcode eDNA berhasil mengidentifikasi 44 spesies ikan laut (identitas 99-100%) dari pipeline MiFish yang mewakili 36 genera, 24 famili, 10 ordo. Total bacaan dari sampel eDNA adalah 133.794, dan 3.386 bacaan (2.535%) dikeluarkan dari analisis lebih lanjut (di bawah identitas urutan 95%). Pembacaan gabungan 130.408 dapat ditetapkan pada tingkat spesies (99,8%) dan tingkat genus (0,2%). Hasil eDNA mengidentifikasi ikan muara Liza macrolepis (38,33%), diikuti oleh Acanthurus xanthopterus (16,63%) dan Selar boops (9,69%).
Perciformes
Jenis ikan pada Perciformes mendominasi identifikasi dengan metode metabarcoding eDNA. Ordo ini juga merupakan kelompok ikan pelagis esensial dan ekonomis seperti Thunnus obesus, Katsuwonus pelamis, Lutjanus argentimaculatus, Auxis thazard, dan Tetrapturus angustirostris dll. Perikanan tangkap tuna telah mengalami perkembangan yang cukup tinggi dengan tingkat pemanfaatan yang nyata sebesar 82,43% dengan tingkat eksploitasi untuk menangkapnya sebesar (104.21%). Kondisi ini menunjukkan tingginya eksploitasi perikanan tuna di wilayah ini karena potensi tuna yang masih menjadi produk ekspor unggulan. Dalam penelitian ini diidentifikasi famili Scombridae (Thunnus obesus, Katsuwonus pelamis, Auxis thazard, dan Auxis sp.) Yang dimungkinkan dari hasil tangkapan nelayan yang mendarat di pelabuhan ikan Pelabuhan Ratu. Ikan Thunnus obesus dan Katsuwonus pelamis merupakan target utama tangkapan, sedangkan jenis Auxis thazard termasuk dalam kategori bycatch [25]. Selain itu, spesies ikan di bawah famili Istiophoridae (Tetrapturus angustirostris) juga teridentifikasi dan merupakan hasil tangkapan nelayan. Beberapa publikasi menyebutkan spesies lain seperti Istiophorus orientalis dan Istiophorus platypterus di bawah famili Istiophoridae, spesies lain yang diklasifikasikan sebagai bycatch adalah Decapterus macrosoma dan Decapterus russelli. Pendekatan eDNA dalam penelitian ini membuktikan keefektifan studi keanekaragaman hayati dengan metode molekuler. Metode ini dapat memperoleh data keanekaragaman jenis yang relatif lebih cepat di sekitar perairan dangkal di Teluk Pelabuhan Ratu.
Clupeiformes and Mugiliformes
Kelompok ikan penting secara ekonomi lainnya adalah ordo Clupeiformes, yang umumnya menjadi tangkapan umum masyarakat setempat, karena harganya yang relatif lebih murah. Jenis ikan yang ditemukan di pasar ikan Pelabuhan Ratu termasuk ikan sarden dan ikan teri. Dalam penelitian ini, hasil metabarcoding eDAN mampu mengidentifikasi lima spesies dalam famili clupeidae yaitu Herklotsichthys quadrimaculatus, Amblygaster sirm, Konosirus punctatus, Nematalosa come, dan Encrasicholina devisi.
Famili Mugilidae merupakan ikan muara yang banyak dimanfaatkan oleh masyarakat untuk konsumsi rumah tangga. Jenis ikan dari kelompok Mugilidae umumnya diperoleh dari perairan yang hampir berbatasan dengan muara dengan kisaran salinitas yang agak bervariasi. Jenis ikan lain yang dilaporkan di wilayah selatan Jawa (Ujung Kulon, Pandeglang) adalah Liza subviridis. Dalam studi ini, kami berhasil mengidentifikasi tiga spesies dari famili Mugilidae (Liza macrolepis, Crenimugil seheli, dan dua haplotipe Plicomugil labiosus), dan pohon filogenetik juga mampu membedakan dua famili dari ordo Clupeiformes.
Species lainnya
Hasil rekonstruksi pohon filogenetik, diketahui bahwa setiap species dapat memisahkan semua spesies dari masing-masing famili. Hasil ini sangat menarik dan menunjukkan bahwa di sekitar Teluk Pelabuhan Ratu memiliki keanekaragaman jenis ikan laut yang tinggi. Kelompok Muraenidae dari ordo Anguilliformes juga sering ditemukan hasil tangkapan sampingan dari beberapa nelayan. Jenis yang paling banyak mendapat perhatian saat ini sebagai komoditas budidaya adalah Anguilla spp. Namun, metabarcoding eDNA tidak menemukan spesies ini. Kondisi ini dimungkinkan karena terbatasnya jumlah sampel dan dilakukan hanya dalam satu kali pengambilan sampel di wilayah tersebut. Pemantauan secara berkala akan bermanfaat untuk mengetahui pola perubahan komposisi ikan laut di wilayah ini.
IUCN, daftar CITES dan ikan berbisa
Hampir semua ikan yang teridentifikasi di wilayah ini termasuk dalam kategori “Least Concern” dan “Not Evaluated” berdasarkan informasi dari FishBase (www.fishbase.se) dan IUCN Redlist (www.iucnredlist.org). Dari seluruh daftar spesies yang teridentifikasi, hanya Thunnus obesus yang masuk dalam kategori Rentan (VL). Kondisi ini menandakan bahwa pengelolaan perikanan tuna di Indonesia harus dilakukan dengan bijak agar populasi ikan tuna tidak dieksploitasi secara berlebihan atau tidak punah di kawasan ini.
Beberapa ikan juga memiliki racun di tubuhnya yang perlu diperhatikan lebih lanjut. Jenis ikan Acanthurus lineatus dan Acanthurus xanthopterus, yang perlu diwaspadai karena memiliki kelenjar racun di dalam tubuhnya. Namun ada beberapa spesies ikan yang memiliki kelenjar racun yang cukup besar yaitu Parapterois heterura yang termasuk dalam famili Scorpaenidae. Ikan dalam kelompok famili ini telah dikenal sebagai ikan yang memiliki racun.
Ikan Siganus vermiculatus yang tergolong ikan herbivora juga perlu diwaspadai karena adanya potensi racun pada duri sirip punggung. Ikan ini biasa ditemukan di daerah pesisir, memakan alga yang tumbuh di lamun, dan terkadang diperlakukan sebagai organisme berbahaya untuk budidaya rumput laut. Jenis ikan lain dalam genus Siganus dilaporkan memiliki potensi toksin; yaitu Siganus fuscescens juga perlu diperhatikan agar aman dikonsumsi manusia.
Penulis: Dr. Eng. Sapto Andriyono, S.Pi., M.T
Tulisan Lengkap dapat didapatkan pada link :
Sapto Andriyono, Md. Jobaidul Alam and Hyun-Woo Kim,”Marine Fish Detection by Environmental DNA (eDNA) Metabarcoding Approach in the Pelabuhan Ratu Bay, Indonesia,” International Journal on Advanced Science, Engineering and Information Technology, vol. 11, no. 2, pp. 729-737, 2021. [Online]. Available: http://dx.doi.org/10.18517/ijaseit.11.2.9528.
