Udang beku merupakan salah satu produk perikanan unggulan dengan lalu lintas ekspor-impor yang cukup tinggi. Permintaan ekspor udang setiap tahun meningkat dengan komposisi 80% udang beku dan 20% udang non-beku. Namun, karena adanya penyakit akibat virus, produksi udang di Indonesia masih belum maksimal.
Taura Syndrome Virus (TSV) adalah virus yang cukup berbahaya yang sering menyerang komoditas udang. Virus ini didolongkan sebagai Hama dan Penyakit Ikan Karantina (HPIK) kelas 1. Untuk menjaga agar tidak terjadi distribusi penyakit pada produk perikanan baik secara regional maupun internasional adalah dengan melakukan pengujian dan pemeriksaan. Saat ini pemeriksaan virus TSV bisa menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR).
PCR merupakan pemeriksaan virus secara molekuler dengan metode amplifikasi atau memperbanyak materi genetik virus. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui metode pemeriksaan virus TSV menggunakan metode PCR di Laboratorium Biologi Molekuler Balai Karantina Ikan, Pengendalian Mutu dan Keamanan Hasil Perikanan (BKIPM) Surabaya.
Terdapat 5 tahap dalam proses pengujian dengan metode PCR yakni nekropsi sampel, ekstraksi, amplifikasi, elektroforesis dan visualisasi hasil. Nekropsi dilakukan dengan mengambil 20 mg organ target dari virus TSV yakni insang, uropod, kutikula dan kaki renang. Setelah sampel didapat akan dilakukan ekstraksi untuk memisahkan DNA atau RNA dari komponen sel menggunakan silica ekstraction kit.
Supernatant hasil ekstraksi akan diamplifikasi menggunakan mesin PCR. Amplifikasi adalah tahapan utama dan terpenting dalam metode PCR. Metode ini terdiri dari 5 proses yakni pra-denaturasi, denaturasi, Anealing, ekstensi dan ekstensi final.
Sampel hasil amplifikasi akan dimasukkan dalam kotak gel agarosa dengan konsentrasi 1,5 % dan direndam pada larutan 1x Buffer TAE untuk dilakukan elektroforesis. Prinsip utama elektroforesis adalah migrasi molekul bermuatan menuju elektroda karna pengaruh arus listrik. Kotak gel dihubungkan dengan arus listrik bertegangan 115 volt selama 15 menit dan diamati dibawah sinar UV. Pita DNA sampel akan berpendar ketika terkena sinar UV dan hasilnya akan divisualisasikan menggunakan UV Transluminator yang dihubungkan dengan kamera dan komputer.
Berdasarkan hasil yang didapat, dari 5 sampel udang windu dan 2 sampel udang vannamei beku semuanya negatif mengidap TSV. Hal tersebut terjadi karena hasil menunjukkan tidak adanya pita DNA sampel yang berpendar pada ukuran 231 bp yang merupakan karakteristik DNA TSV sesuai dengan kontrol positif.
Penulis : Arif Habib Fasya
Informasi lebih lengkap tulisan ini dapat diakses pada :
https://iopscience.iop.org/article/10.1088/1755-1315/679/1/012069/pdf
Fadilah, A. N., & Fasya, A. H. (2021, February). Examination of Taura Syndrome Virus (TSV) in white shrimp (Litopenaeus vannamei) and tiger prawn (Penaeus monodon) with Polymerase Chain Reaction (PCR) method. In IOP Conference Series: Earth and Environmental Science (Vol. 679, No. 1, p. 012069). IOP Publishing.
