Korea merupakan negara dengan nilai konsumsi ikan yang cukup tinggi. Hal ini terlihat dengan sajian kuliner yang berbahan dasar ikan hampir diseluruh jenis makanannya. Namun demikian, jenis ikan yang paling banyak dieksploitasi untuk sumber bahan pangan adalah jenis ikan laut, sedangkan ikan-ikan air tawar tidak banyak di konsumsi. Meski sumber daya ikan air tawar di Korea cukup tinggi, pemerintah Korea sangat memperhatikan tentang kondisi biodiversitas spesies asli di perairan sungai-sungai di Korea.
Semenanjung Korea yang menyatu dengan daratan China memungkinkan sebaran jenis-jenis ikan air tawar dari daratan China menjadi invasive dan berkembang biak di Korea. Karena itu, penelitian tentang karakterisasi genetik ikan Silurus soldatovi ini menjadi sangat krusial untuk mengetahui silsilah evolusinya.
Berdasar database resmi yang dikeluarkan oleh Pemerintah Korea, disebutkan bahwa terdapat dua spesies dalam genus Silurus yang telah dilaporkan dalam penelitian sebelumnya (https://species.nibr.go.kr/index.do). Jenis tersebut adalah Silurus asotus dan Silurus microdosalis. Sementara, jenis Silurus soldatovi dilaporkan merupakan ikan asli dari perairan Sungai Amur yang berada di darata China dan Rusia (Wang et al. 2015).
Laporan ini merupakan laporan ilmiah pertama tentang complete genome pada species Silurus soldatovi yang ditemukan dari perairan Sungai Nakdong, Korea Selatan, pada 2018. Selain identifikasi secara morfologi, konfirmasi identifikasi secara molekuler pada gene Cytochrome c oxidase I menunjukkan bahwa sequence yang dihasilkan memiliki kemiripan dengan Silurus soldatovi dari China (AB860299) dengan nilai 99.61 persen.
Karakteristik Genetik
Complete genome pada mitochondrial diketahui berbentuk sirkular seperti halnya ikan-ikan pada umumnya dengan panjang urutan basa nucleotide, yaitu 16.525 bp. Sequence tersebut telah didaftarkan dalam database GenBank pada NCBI dengan nomor akses MN171302. Komposisi complete gen tersebut terdiri atas 13 gene penyandi protein, 22 transfer RNA, dua ribosomal RNA (12S dan 16S).
Dari total 22 tRNA, hampir seluruhnya mampu membentuk struktur daun dengan tiga lengan, sementara hanya satu tRNA Serin hanya memiliki dua struktur lengan. Pada bagian Cytochrome c oxidase I, start kodon diawali dengan start kodon yang tidak umum, yaitu GTG. Namun demikian, kondisi ini juga ditemukan pada jenis catfish family Silurid lainnya (Alam
et al. 2019). Sedangkan pada region protein coding lainnya ditemukan ketidaklengkapan stop kodon dalam bentuk TA- atau T—, yaitu pada enam protein coding meliputi ND2, COX2, COX3, ND3, ND4, dan Cytochrome b.
Kekerabatan dalam Pohon Evolusi
Analisis kekerabatan Silurus soldatovi dengan menggunakan software Mega7 (Kumar et al. 2016) mendapatkan hasil bahwa ikan ini mememiliki kekerabatan terdekat dengan Silurus saldatovi (haplotype China NC022723) dengan nilai 99.38 persen. Kekeraban berikutnya, Silurus asotus dari perairan China menempati posisi ke-2 dengan prosentasi nilai sebesar 99.38 persen (JX087351). Hasil analisis ini menarik untuk diperhatikan karena dua jenis Silurus asotus dari China (JX087351 dan JN116720) memiliki kedekatan dengan Silurus soldatovi pada studi ini.
Jarak genetic pada analisis menggunakan software Mega7 pada species Silurus soldatovi studi ini (MN171302) dengan haplotype Silirus asotus dari China (JX087351) adalah 0.032. Sedangkan jarak genetic pada dua species Silurus asotus haplotype China (JX087351 dan JX256247) lebih besar jika dibandingkan nilai jarak genetic sebelumnya, yaitu sebesar 0.054. Hal ini perlu dilakukan kajian mendalam lagi tentang proses evolusi pada species Silurus di Semenanjung Korea dan daratan China yang memungkinkan memiliki kekerabatan cukup dekat.
Gambar. Rekonstruksi pohon filogenetik species Silurus soldatovi haplotype Korea.
Pustaka
Alam J, Andriyono S, Hossain A, Eunus A, Kim HW. 2019. The complete mitochondrial genome of a Pabdah catfish, Ompok pabda (Hamilton, 1822). Mitochondr DNA B. 4(1):507–508.
Kearse M, Moir R, Wilson A, Stones-Havas S, Cheung M, Sturrock S, Buxton S, Cooper A, Markowitz S, Duran C. 2012. Geneious basic: an integrated and extendable desktop software platform for the organization and analysis of sequence data. Bioinformatics. 28(12): 1647–1649.
Kumar S, Stecher G, Tamura K. 2016. MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol Biol.Evol. 33(7): 1870–1874.
Laslett D, Canb€ack B. 2008. ARWEN: a program to detect tRNA genes in metazoan mitochondrial nucleotide sequences. Bioinformatics. 24(2): 172–175.
Wang K, Xu J, Cui J, Li Q, Xu P, Sun X. 2015. Complete mitochondrial genome of Northern Sheatfish (Silurus soldatovi). Mitochondr DNA. 26(6):891–892.
Penulis: Dr. Sapto Andriyono
Tulisan selengkapanya dapat ditemukan di https://doi.org/10.1080/23802359.2019.1687347.
