Biologi dan Distribusi Ikan Ailia coila
Gangetic Ailia atau ikan dengan nama latin Ailia coila merupakan ikan air tawar yang memiliki ukuran cukup kecil namun memiliki peran yang penting dalam ekologi di perairan. Karena ukuranya yang kecil ini, maka ikan ini termasuk dalam small indigenous species (ISI) yang sebaran habitatnya di perairan air tawar Bangladesh, India, Pakistan, dan Nepal.
Meskipun telah banyak ditemukan di sungai, dan danau, habitat A. coila menurun secara drastis dikarenakan berbagai penyebab dari aktivitas manusia (antropogenik) maupun akibat kerusakan secara alami dan spesies ini saat ini dikategorikan sebagai spesies yang rentan di perairan air tawar Bangladesh dan India.
Saat ini, upaya pelestarian spesies tersebut perlu dilakukan untuk melestarikan plasma nutfah untuk pemanfaatannya secara berkelanjutan dari ikan tersebut, khususnya di negara-negara tempat habitat alaminya ditemukan. Pada tulisan ini, untuk pertama kali menuliskan tentang susunan genom yang di isolasi dari mitokondria secara lengkap species ikan A. coila, yang didapatkan dari perairan air tawar di Bangladesh.
Secara morfologi, ikan ini memiliki bentuk tubuk yang pipih kompres, dan bentuk kepala pipih dipres. Posisi mulut sub-inferior dengan rahang bagian atas lebih panjang dibandingkan dengan rahang bagian bawah. Tidak ditemukan sirip punggung pada ikan ini, namun terdapat sisik adiposa yang terletak di dekat ekor. Sirip samping berkembang sempurna dan sirip pelvis di bagian perut ditemukan kecil. Sirip belakang berbentuk cagak, dan secara keseluruhan warna tubuhnya putih keperakan. Habitat secara umum di air tawar namun mampu hidup di perairan payau. Ikan ini merupakan ikan pelagis yang tersebar di wilayah tropis.
Gen pada Mitokondria Ikan Ailia coila
Pada mitokondria, informasi genetik yang diturunkan dari leluhurnya secara umum tidak mengalami perubahan. Hal ini dikarenakan pada saat pembelahan sel, mitokondria tidak mengalami perubahan seperti pada inti sel. Mitokondria akan tetap diturunkan dengan komposisi sama, sehingga informasi genetik pada mitokondria relatif tetap, sehingga kajian tentang evolusi vertebrata (pada ikan misalnya) dapat diketahui melalui pemetaan gen yang berada di mitokondria tersebut.
Gen pada mitokondria umumnya disingkat menjadi mitogenome. Pada sejumlah kajian, mitogenome terkadang hanya menyebutkan sejumlah wilayah gen penyandi tertentu (misalnya COI, cyt B, ND2) yang kemudian disebut sebagai mitogenome parsial. Sedangkan pada mitogenome lengkap, komposisi gen pengkode protein disebutkan secara lengkan dalam satu paket berbentuk sirkular (melingkar).
Mitogenom lengkap A. coila berbentuk circular dan telah didaftarkan pada GenBank database dengan Accesion number MK348534 dengan toal panjang urutan nukleotida yang dimiliki adalah 16.565 bp, yang terdiri dari 13 gen penyandi protein, 22 transfer RNA (tRNA), dan dua ribosomal RNA (12S dan 16S). Dua daerah non-coding termasuk control region memiliki panjang 927 bp, dan origin of light strand replication (OL) yang juga region tetap pada mitokondrianya. Wilayah control region diidentifikasi antara tRNA-Pro dan tRNA-Phe, sedangkan OL berada diantara tRNA-Asn dan tRNA-Cys di dalam kelompok WANCY tRNA.
Tiga kelompok tRNA yaitu IQM, WANCY, dan HSL teridentifikasi dari gen yang dipetakan. Komposisi nukleotida Adenin (A) dan Timin (T) basa secara keseluruhan dari A. coila mitogenome adalah 59,10% dan susunan gennya identik dengan ikan dari famili Siluriformes lainnya. Seluruh 21 tRNA lainnya, dari hasil prediksi yang dilakukan akan memiliki struktur seperti bentuk daun semanggi yang khas, kecuali untuk tRNA Serin yang hanya memiliki 3 lengan.
Mirip dengan kelompok ikan catfish pada famili famili Siluriformes lainnya, start kodon awal yang tidak biasa secara eksklusif diidentifikasi dalam gen penyandi cytochrome c oxidase I (COX I) yaitu dengan adanya GTG. Sedangkan pada stop kodon, ditemukan stop kodon yang tidak lengkap berupa TA- dan T– pada enam gen penyandi protein meliputi gen ND2, COX2, COX3, ND3, ND4, dan CYTb.
Pohon pylogenetik Ikan Ailia coila
Melalui pohon keturunan tersebut, kita dapat mengetahui kekerabatan ikan A. coila. Proses ini menjadi bagian dalam sebuah kajian evolusioner suatu species. Sebagai satu-satunya spesies dalam genus Ailia (Nelson 1994; Froese and Pauly 2010), A. coila membentuk kladus (kelompok individu) berbeda dari spesies Silurid lainnya. Di antara mitogenom yang saat ini dilaporkan pada database GenBank dalam famili Siluriformes, A. coila paling erat kekerabatannya dengan Eutropiichthys vacha (AB919123) dengan nilai identitas sebesar 85,63%.
Penulis: Sapto Andriyono
Informasi lengkap dapat ditemukan pada tulisan kami di:https://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.1080/23802359.2019.1627942?needAccess=true
